Uno de los principales inconvenientes para la adopción masiva de Linux en la empresa es la poca adaptación de los diferentes tipos de software que se manejan en la empresa, ya sea un CRM o un ERP, etc. La coexistencia de Windows y Linux en las empresas parece que se ve reducida, en el mejor de los casos a soluciones de escritorio del primero y servidor del segundo.
Muchas empresas han optado por soluciones de Linux en el servidor, fundamentalmente por razones de seguridad y economía. Los servidores gestionados con Linux se han revelado como una opción más segura que los gestionados con Windows. Eso no quiere decir que sean inmunes, también tienen sus problemas de seguridad, pero al ser un sistema minoritario es menos rentable el ataque a estos servidores que los gestionados por Windows.
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